Obecny późnogotycki kościół w Witowie jest wymurowany z cegły tzw. zendrówki. Wzniesiono go w 1. połowie XV w. Kościół jest jednonawowy, z węższym i niższym prezbiterium zamkniętym wielobocznie. Był przebudowywany w latach 1546-47. Nawa kryta sufitem, prezbiterium dwoma przęsłami gotyckiego sklepienia krzyżowo-żebrowego o gładkich zwornikach, z żebrami dołem ściętymi, bez wsporników. Zakrystia sklepiona kolebkowo. Otwór tęczowy ostrołukowy, nad nim krucyfiks barokowy z XVIII w. Z zewnątrz ściany są opięte szkarpami uskokowymi. W prezbiterium są gotyckie, wąskie, ostrołukowe okna. Okienko w zakrystii jest kwadratowe, pochodzi z XVI w. Strzelisty, dwuspadowy, gontowy dach, który wieńczy kamienna sygnaturka.

Ołtarz główny późnobarokowy pochodzi z 2. ćwierci XVIII w. z obrazami Świętej Trójcy i św. Mikołaja, a dwa rokokowe ołtarze boczne pochodzą z 2. połowy XVIII w. Znajdują się w nich wizerunki świętych: Barbary, Józefa, Anny Samotrzeciej, Jadwigi i Antoniego. W kościele jest też cenny obraz Madonny z Dzieciątkiem ze szkoły włoskiej przełomu XVII i XVIII wieku. Ambona i organy są rokokowe. Renesansowa chrzcielnica kamienna z XVI w. z herbem Topór. W ścianach kościoła tkwi pocisk z czasów I wojny światowej, a legenda głosi, że w 1931 roku ogień z palących się stodół dworskich przeszedł na kościół i wtedy kobieta o imieniu Tekla zaczęła rzucać w ogień chleb poświęcony w dzień św. Agaty i kierunek wiatru się zmienił – kościół ocalał.

W 2000 roku, podczas prac konserwatorskich natrafiono na fragment cennej XVI-wiecznej polichromii.